💵害獣駆除の補助金は自治体によって違う？適用条件や申請方法を解説

害獣駆除の補助金は、条件を満たせば利用できる場合があります。

ただし、制度の有無や対象となる害獣、補助される費用、申請方法は自治体によって異なります。

害獣駆除で利用できる主な補助制度や対象になりやすい害獣、申請条件、手続きの流れを解説します。

自分の地域で利用できる制度と補助金を受け取るために必要な準備を理解して無駄なく準備を進めましょう。

監修者：松山 陵太（害獣防除施工管理士）

害獣BUZZ監修者 / 優良安心防除認定書取得・害獣防除施工管理士。 年間150件以上の害獣駆除に従事。 ネズミ・ハクビシン・アライグマ・コウモリなど、現場のリアルな駆除ノウハウや、依頼前に知っておきたい豆知識を発信しています。

💰害獣駆除の補助金は条件を満たせばもらえる

害獣駆除に使える補助制度は存在しますが、全国一律で誰でも受け取れるものではありません。

特に国の制度では、地域ぐるみの鳥獣被害対策や農林業への被害防止を支援する仕組みが中心です。

• 自治体によって補助制度の内容が異なる
• 個人宅の駆除費用は対象外となる場合がある
• 農作物被害への対策は支援対象になりやすい

自宅の被害だから必ず補助金がもらえるとは限らないため、まず自治体の制度を確認する必要があります。

自治体によって補助金の有無が異なる

害獣対策の補助制度は、すべての自治体で同じように用意されているわけではありません。

国の鳥獣被害防止総合対策交付金も、地方公共団体などが地域の被害防止計画に基づいて行う対策を支援する仕組みです。

そのため、住んでいる地域で利用できる補助金があるかは、自治体の公式サイトや担当窓口で確認しましょう。

問い合わせ先は自治体によって異なりますが、農林課・農政課・農林振興課・鳥獣対策課などが鳥獣被害を担当していることがあります。

アライグマやハクビシンなど、生活環境への被害については環境課・環境衛生課・生活衛生課などが窓口になる場合もあります。

担当課がわからないときは、市役所や区役所の代表窓口に「害獣被害の補助金について相談したい」と伝えれば、担当部署を案内してもらえるでしょう。

参照：⿃獣被害防⽌総合対策交付⾦（都道府県事業）について

個人宅の被害が対象外になる場合がある

害獣によって家屋が壊されたり、屋根裏に侵入されたりした場合でも、駆除費用が補助金の対象になるとは限りません。

国の制度では、地域関係者が一体となって行う被害防止対策や施設整備などが支援の中心です。

自治体の制度でも農地や公共施設などを対象にしているケースがあるため、個人住宅の駆除が対象かを申請前に確認してください。

農作物被害は支援制度の対象になりやすい

イノシシやシカなどによる農作物被害は、国や自治体による鳥獣被害対策の対象になりやすいです。

農林水産省は、捕獲体制の整備、捕獲機材の導入、侵入防止柵の設置、追払い、緩衝帯の整備などを支援しています。

農地への被害が続いている場合は、駆除だけでなく防護柵や捕獲などを含めた総合的な対策について自治体に相談するとよいでしょう。

📝害獣駆除で利用できる補助金3種類とは？

害獣対策で利用される支援は、大きく分けると被害防止全般、防護柵、捕獲活動に関する3つのタイプがあります。

• 鳥獣被害防止のための総合的な支援
• 農地などへの防護柵を設置するための支援
• 害獣の捕獲活動や体制整備に関する支援

鳥獣被害防止の補助制度

代表的な制度の一つが、農林水産省の「鳥獣被害防止総合対策交付金」です。

令和8年度（2026年度）も、地域関係者が一体となった被害対策や施設整備などが支援対象とされており、補助率は定額または2分の1など、事業によって異なります。

ただし、これは個人が直接申請して住宅の駆除費用を受け取る制度とは限りません。

自治体や地域協議会を通じた事業として実施される場合があるため、まず地域の担当窓口に確認しましょう。

防護柵の設置費用に使える制度

農地などへのイノシシやシカの侵入を防ぐため、防護柵の設置費用を支援する制度があります。

対象となる柵には、金網柵やワイヤーメッシュ柵、電気柵などがあり、被害状況や対象となる鳥獣に応じて適切な方法を選ぶことが重要です。

自治体によっては、購入費や設置費の一部を補助する場合があります。

補助金を利用したい場合は、購入や設置を始める前に申請条件を確認しておきましょう。

捕獲活動への支援制度

害獣を捕獲するための活動や体制整備も、鳥獣被害対策の支援対象になる場合があります。

国の制度では、市町村の被害防止計画に基づく捕獲体制の整備や捕獲機材の導入、捕獲活動などが支援されています。

なお、野生鳥獣は自由に捕獲できるわけではありません。

農林水産省は、許可を得ずに野生鳥獣を捕獲することはできないと案内しています。

参照：環境省「捕獲許可制度の概要」

🦝補助金の対象になる対象害獣5種類とは？

補助金の対象となる害獣は自治体ごとに異なりますが、鳥獣被害対策でよく扱われるのは以下の5種類です。

• イノシシ
• シカ
• アライグマ
• ハクビシン
• カラス

ただし、ここで挙げた害獣がすべての自治体で補助対象になるわけではありません。

対象害獣は制度ごとに指定されているため、申請前に必ず確認してください。

イノシシ

イノシシは農地を掘り返したり、農作物を食べたりすることで大きな被害を発生させる代表的な鳥獣です。

国もシカとイノシシの捕獲強化を進めており、令和8年度には加害性の高い個体を重点的に捕獲するモデル事業も実施しています。

自治体によっては捕獲活動や防護柵の設置などが補助対象になることがあります。

農地被害がある場合は、被害写真や発生場所を記録して相談するとスムーズです。

シカ

シカによる農作物被害や森林への影響も深刻で、全国的に捕獲対策が進められています。

農林水産省の令和8年度事業でも、シカを対象とした捕獲対策の事例が複数の地域で実施されています。

自治体によっては捕獲活動、防護柵、追払いなどを支援する場合があります。

特に農地への侵入が続いている場合は、駆除だけでなく侵入を防ぐ対策も合わせて検討しましょう。

アライグマ

アライグマは農作物だけでなく、住宅などに侵入して生活環境へ被害を及ぼすことがあります。

アライグマは特定外来生物に指定されており、環境省は自治体などによる防除を進めるための手引きを公開しています。

自治体によっては捕獲や防除活動を支援している場合があります。

ただし、捕獲方法や許可の扱いにはルールがあるため、自己判断で捕獲せず自治体へ相談してください。

参照：環境省「アライグマ防除の手引き（改訂版）」の公表について

ハクビシン

ハクビシンは住宅の屋根裏などに入り込み、ふん尿による汚れや悪臭、建物への被害につながることがあります。

自治体によっては、有害鳥獣対策の一環として捕獲や被害防止を行っている場合があります。

ただし、個人住宅の駆除費用まで補助されるかは制度によって異なります。

駆除費用が補助対象なのか、捕獲活動だけが対象なのかを申請前に確認しましょう。

カラス

カラスは農作物を荒らすほか、ごみを散らかすなど生活環境にも被害を与えることがあります。

カラスを含む鳥類についても、地域の被害状況に応じて捕獲や追払いなどの対策が行われる場合があります。

ただし、カラスの被害に対する個人向け補助金が必ず用意されているわけではありません。

住宅周辺の被害なら、まず自治体の環境・農林・鳥獣対策などの担当部署へ相談するのがおすすめです。

✅補助金を受け取るための条件はある？

害獣駆除の補助金を利用するには、制度ごとに定められた条件を満たす必要があります。

• 対象区域に住んでいる、または対象区域で被害を受けている
• 指定された害獣による被害である
• 自治体が定める被害基準を満たしている
• 指定された方法や業者で対策を行う
• 駆除前に必要な申請を行っている

被害地域が制度の対象区域に含まれる

補助金には、対象となる地域が設定されていることがあります。

たとえば特定の農村地域や被害防止計画の対象区域など、制度の目的に応じて対象地域が限定されるケースです。

そのため、同じ都道府県内でも市区町村によって利用できる制度が異なる可能性があります。

住所や被害場所を伝えて、自分の地域が対象区域に含まれるかを担当窓口に確認してください。

指定された害獣による被害を受けている

補助金には、対象となる害獣が指定されています。

イノシシやシカなどの農林業被害を中心に支援する制度もあれば、アライグマなどの外来生物対策を目的とした制度もあります。

そのため「害獣だから補助対象」と考えるのは適切ではありません。

被害を受けている動物の種類がわからない場合は、写真などを用意して自治体に相談すると、対象制度を確認しやすくなります。

自治体が定める被害基準を満たしている

補助金によっては、一定以上の被害が発生していることを条件としている場合があります。

農作物の被害面積や被害金額、被害回数など、具体的な基準が設けられるケースもあります。

そこで、被害に気づいた時点から写真や日付、被害内容を記録しておくことが重要です。

被害状況を客観的に示せる資料があると、申請や自治体への相談を進めやすくなります。

指定業者や指定方法で駆除を実施する

制度によっては、補助対象となる施工方法や業者が指定されている場合があります。

自分で業者を選んで駆除した後に補助金を申請すればよいとは限りません。

特に捕獲については法律上の許可や資格などが関係する場合があるため、適切な方法で実施する必要があります。

業者へ依頼する前に、自治体へ「この業者や方法で補助対象になりますか」と確認しておきましょう。

駆除前に申請を済ませている

補助金を利用するときに特に注意したいのが、申請するタイミングです。

制度によっては、交付決定前に購入や工事、駆除を行うと、その費用が補助対象外になります。

そのため、害獣を見つけてすぐに業者へ依頼するのではなく、まず制度の条件を確認しましょう。

申請、交付決定、駆除の順番が指定されている場合は、その流れを守ることが大切です。

✋補助金の申請方法5ステップ

補助金の申請手順は自治体によって異なりますが、基本的な流れには共通点があります。

1. 自治体の補助制度を確認する
2. 被害状況を写真や記録で残す
3. 必要書類を準備して申請する
4. 交付決定後に駆除や対策を実施する
5. 実績報告を行って補助金を受け取る

最も重要なのは、先に制度を確認することです。

詳しい提出書類や期限は自治体ごとに違うため、公式サイトや担当窓口で確認してください。

自治体の補助制度を確認する

まずは住んでいる地域で利用できる補助金を確認しましょう。

自治体の公式サイトで「害獣」「鳥獣被害」「有害鳥獣」「防護柵」「捕獲」などの言葉を使って検索すると見つけやすくなります。

制度が見つからない場合でも、担当部署に電話や窓口で相談してみましょう。

補助金だけでなく、捕獲や専門業者に関する情報を案内してもらえる場合があります。

被害状況を写真や記録で残す

補助金の申請では、実際に被害が発生していることを確認できる資料が重要です。

被害を受けた農作物や建物、侵入経路、ふん尿などを写真で撮影し、撮影日や場所も記録しておきましょう。

農作物の場合は、被害を受けた面積や作物の種類なども記録すると役立ちます。

被害前後の状況がわかる写真を複数残しておくと、相談時にも説明しやすくなります。

必要書類を準備して申請する

制度が決まったら、自治体が指定する書類を準備します。

• 補助金の交付申請書
• 被害状況がわかる写真や資料
• 見積書や費用がわかる書類
• 本人確認や住所を確認できる書類

必要書類は制度によって異なるため、上記はあくまで代表例です。

不足書類があると申請に時間がかかるため、提出前に自治体へ確認しておくと安心です。

交付決定後に駆除を実施する

申請を提出した後は、自治体による審査などを経て交付決定が行われる場合があります。

この決定前に駆除や工事を始めると、補助金の対象外になる可能性があります。

そのため、業者へ依頼する場合も、まず申請の進め方を確認しましょう。

交付決定後は、承認された内容や金額、期間から外れないように対策を実施することが大切です。

実績報告後に補助金を受け取る

駆除や防護柵の設置が終わったら、自治体へ実績報告を行う制度があります。

領収書、施工前後の写真、作業内容がわかる資料などを提出し、補助対象となる費用が確定すると、補助金が支払われる流れです。

必要書類や提出期限は制度ごとに違います。

領収書などは処分せず、実績報告が完了するまで大切に保管しておきましょう。

⚠️補助金の申請前に確認したい注意点5つ

補助金は害獣駆除の費用負担を軽くできる可能性がありますが、申請すれば必ず受け取れるわけではありません。

• 駆除前の申請が必要か確認する
• 補助金の予算上限を確認する
• 自治体ごとの申請期限を確認する
• 業者への依頼前に相見積もりを取る
• 補助対象外を含めた総費用を確認する

特に「補助金があるから安く済む」と考えず、自己負担額まで含めて判断することが重要です。

▼ネズミ駆除に関する自治体の助成金については以下の記事で詳しく解説しています。

駆除後の申請では対象外になる？

補助金制度では、交付決定前の着手を認めていない場合があります。

すでに駆除を終えてから申請しても、その費用が補助対象にならない可能性があります。

「被害がひどいから先に駆除しよう」と考える前に、自治体へ連絡して申請の必要性を確認しましょう。

緊急対応が必要な場合も、可能な範囲で事前相談を行い、自治体の指示に従うことをおすすめします。

補助金の予算上限を確認する

自治体の補助制度には、年度ごとの予算が設定されている場合があります。

制度上は対象になっていても、予算に達したことで受付が終了する可能性もあるため、早めの確認が重要です。

特に年度末などは受付状況が変わることがあります。

申請を検討しているなら、現在も受付中なのか、残りの予算があるのかを担当窓口へ確認すると安心です。

自治体ごとの申請期限を確認する

補助金の申請期限は制度ごとに異なります。

「年度内ならいつでも申請できる」とは限らず、募集期間や予算上限が設定されている場合があります。

また、申請から交付決定までに時間がかかる制度もあります。

害獣被害に気づいたら、できるだけ早く自治体へ相談し、申請期限と審査期間を確認しましょう。

業者への依頼前に相見積もりを取る

補助金を利用する場合でも、駆除費用のすべてが補助されるとは限りません。

業者へ依頼する前に複数社から見積もりを取り、作業内容と料金を比較しましょう。

ただし、自治体によっては指定業者や見積書の提出など、独自の条件を設けていることがあります。

相見積もりを取る際は、補助制度の条件を満たす業者かも確認してください。

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自己負担額を含めた総費用を確認する

補助金が使えても、駆除費用の全額が無料になるとは限りません。

たとえば、捕獲や侵入口の封鎖だけが補助対象で、清掃や消毒、修繕などが対象外になることがあります。

そのため、見積もりでは駆除だけでなく、再発防止や清掃まで含めた総額を確認しましょう。

補助対象額と自己負担額を分けて確認すると、後から想定外の出費が発生するのを防ぎやすくなります。

❓害獣駆除の補助金に関するQ&A

Q.個人宅の害獣駆除でも補助金はもらえる？

A.自治体によって異なります。個人宅の駆除費用を補助する制度もありますが、農作物被害や防護柵の設置などを対象とする制度もあります。
まずは自治体の担当窓口へ確認しましょう。

Q.どの課に問い合わせればいい？

A.農作物や鳥獣による被害なら、農林課・農政課・鳥獣対策課などが窓口になることがあります。住宅や生活環境への被害は、環境課や生活衛生課などが担当する場合があります。担当課がわからなければ、役所の代表窓口に相談しましょう。

Q.駆除した後でも補助金を申請できる？

A.駆除前の申請が必要な制度があるため注意が必要です。交付決定前に駆除や工事を行うと、補助対象外になる場合があります。業者へ依頼する前に、申請の時期や条件を自治体へ確認してください。

📋まとめ

• 補助金の有無や条件は自治体によって異なる
• 個人宅の駆除費用は補助対象外の場合がある
• 農作物被害や防護柵の設置、捕獲活動は支援対象になりやすい
• 補助対象となる害獣や被害基準を事前に確認する
• 駆除前の申請が必要な制度があるため、先に自治体へ相談する
• 担当課がわからない場合は、役所の代表窓口から確認する
• 補助金が使えない場合も、自治体への相談や複数業者への見積もり依頼を検討する

害獣被害に気づいたら、まずは自治体の担当窓口に相談し、利用できる補助金や適切な対策方法を確認しましょう。

参照：⿃獣被害防⽌総合対策交付⾦（都道府県事業）について
参照：環境省「捕獲許可制度の概要」
参照：環境省「アライグマ防除の手引き（改訂版）」の公表について